Кафедра экологии, природопользования и экологической инженерии является структурным подразделением Института биологии, экологии, почвоведения, лесного и сельского хозяйства Томского государственного университета.
В 1995 г . по инициативе профессора Р.А. Карначук и начальника Государственного комитета по охране окружающей среды Томской области А.М. Адама была организована кафедра экологии природных и антропогенных систем. Отличительной чертой новой кафедры стала интеграция классического университетского образования и практической деятельности государственных природоохранных организаций.
В 2004 г . кафедра экологии природных и антропогенных систем получила новое официальное название «Кафедра экологического менеджмента», которое наиболее полно отражает основное направление подготовки студентов – будущих управленцев в области природопользования и охраны окружающей среды.
В 2016 г. путём объединения двух кафедр “Экологического менеджмента”и “экологической и сельскохозяйственной биотехнологии” кафедра получает новое название “Кафедра экологии, природопользования и экологической инженерии”
Основная деятельность кафедры обусловлена необходимостью подготовки специалистов – экологов, способных решать управленческие задачи по рациональному природопользованию, сохранению окружающей среды и экологической безопасности.
Кафедра обеспечивает выполнение образовательных, учебно-педагогических, научно-исследовательских и информационно-аналитических задач в области управления природопользованием и охраной окружающей среды на региональном уровне. Она осуществляет подготовку студентов и переподготовку преподавателей средних и высших учебных заведений, государственных служащих в области охраны природы и природопользования.
Кафедра располагает высококвалифицированным профессорско-преподавательским составом: в штате имеется 3 доктора и 5 кандидатов наук, 5 старших преподавателя и 2 ассистента. Они читают лекции на факультетах ТГУ, а также в Высшей школе бизнеса и в филиале Сибирской академии государственной службы в г. Томске. Отличительной чертой является участие в учебно-производственном процессе ведущих специалистов ОГБУ «Облкомприрода», Департамента природных ресурсов и охраны окружающей среды Томской области.
В настоящее время кафедра осуществляет подготовку по 3 уровням образования — бакалавриат, магистратура и аспирантура . Фонды гербария и научной библиотеки ТГУ, аналитическая лаборатория и подразделения ОГБУ «Облкомприроды» и Департамента природных ресурсов и охраны окружающей среды Администрации Томской области, способствуют профессиональному росту и становлению учащихся.
Базой проведения учебных и производственных практик являются предприятия г. Томска, Томского района и Томской области, отделы государственных природоохранных учреждений, подразделения ОГБУ «Облкомприрода», территория Ларинского заказника, предприятия нефтегазового комплекса Западной Сибири.